كنيسة برقين أو كنيسة القديس جرجس هي كنيسة أثرية للروم الأرثوذكس تقع في بلدة برقين غرب مدينة جنين.
يعود التاريخ الأقدم للكنيسة للقرنين الرابع والخامس الميلادي خلال العهد البيزنطي، ولذا فهي تعد رابع أقدم كنيسة في العالم.
أما البناء الحالي فيعود لفترة الصليبيين في القرن الثاني عشر. تم ترميم الكنيسة وتوسعتها في الفترات اللاحقة، وهي تشتهر بوجود مغارة أثرية التي شفى فيه السيد المسيح العشرة البرص.
يقول أحد المشرفين على الكنيسة معين جبور: "الأساس في الكنيسة هو المغارة التي عُزل فيها عشرة أشخاص أصيبوا بداء البرص، وحسب ما ذكر في انجيل لوقا17 من 11-19 تسعة منهم كانوا يهوداً وواحد سامري، وفي أعلى المغارة طاقة كان ينزل الناس من خلالها الطعام والشراب لهم، وكان في ذلك العهد يعتقد اليهود أن أي شخص مصاب بمرض فهو مضطهد ويجب عزله، لأنه مصاب بخطيئة حملها من والديه.
وأثناء مرور السيد المسيح من الناصرة الى القدس مرروا بجنين استطاع الوصول الى برقين وشفاء العشرة البرص، وبعد الناس الذين اعتنقوا الدين المسيحي بدأوا بالصلاة بالخفية داخل هذا البئر خوفا من اضطهاد الرومان لهم، حتى قدوم الملكة هيلانا وزوجها والذين اعتنقوا الديانة المسيحية عام 314م، وفي بداية القرن الرابع ميلادي استطاعوا من فتح هذا البئر وبنوا هذه الكنيسة التي تعد رابع أقدم رابع كنيسة بالعالم.
أهم معالمها هو جدار قدس الاقداس يعود إلى القرن الثالث ميلادي مصنوع من الحجر وكرسي البطريرك والذي يعود إلى القرن الرابع المصنوع من احجر وباقي الكنائس مصنوع من الخشب، هو الوحيد في فلسطين، وفي العالم لا يوجد منه الا اثنان الموجود هنا وأخر موجود في معلولا في سوريا، بالإضافة إلى جرن المعمودية الذي تجاوز عمره ال 1000 سنة.
و في عام 2007 تم العثور على بئر روماني قديم وهو عبارة عن بابان وثلاثة غرف تحت الارض كان يستعمل فترة الاضطهاد الروماني لصلاة فيه بالخفية خوفا من الرومان، وكان يوجد أيضاً اول مدرسة في برقين قبل 200 عام .